邱某所在岗位实行计件工资制。由于生产任务紧张，他所在公司经常要求员工加班，甚至在周六周日和法定节假日加班，却从来没有向邱某发放过加班工资。公司的理由是，实行计件工资制的员工加班后，产品数量增加了，而公司已按产品数量支付报酬，意味着他已经获得比平时更多的收入，没有权利再要求支付加班工资。

分析：

公司的理由不能成立。

一方面，实行计件工资制同样存在加班工资。

《劳动法》第三十七条规定：“对实行计件工作的劳动者，用人单位应当根据本法第三十六条规定的工时制度合理确定其劳动定额和计件报酬标准。”该法第三十六条指出：“国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。”用人单位除经批准执行综合工时制和不定时工时制外，执行计件工作制也应当遵守标准工时制，员工工作日工作时长超过八小时，应认定为加班。

另一方面，计件工资与加班工资是不同的工资范畴。

计件工资是指一般情况下，对已做工作按计件单价支付的劳动报酬。加班工资是指在劳动者完成劳动定额或规定的工作任务后，用人单位根据实际需要安排劳动者在法定标准工作时间以外工作的，应该按照高于正常工资的标准支付的工资。《关于工资总额组成的规定》第四条规定：“工资总额由下列六个部分组成：（一）计时工资；（二）计件工资；（三）奖金；（四）津贴和补贴；（五）加班加点工资；（六）特殊情况下支付的工资。”其中已经将“计件工资”和“加班加点工资”进行了明确的区分。《工资支付暂行规定》第十三条规定，实行计件工资的劳动者，在完成计件定额任务后，由用人单位安排延长工作时间的，应根据安排劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间、在休息日工作而又不能安排补休、在法定节假日工作等不同情形，分别按照不低于其本人法定工作时间计件单价的150％、200％、300％支付其工资。

因此，本案中公司虽已按照邱某的工作量支付了报酬，但这只是根据计件工资制应支付的劳动报酬，并不等于已对他加班期间的付出作出了补偿。公司应根据上述法律规定，根据不同的计算标准补发加班工资差额部分。